האנטישמיות שינתה צורתה בעשורים האחרונים והיא מתבטאת באופנים שונים, בפורומים, בפעילויות מגוונות ובמדיה הישנים והחדשים. במטרה לעודד סטודנטים לתארים מתקדמים לחקור את נושאי הדה לגיטימציה של ישראל ואנטישמיות ישנה מול חדשה, המכון מציע מספר מלגות מחקר בנושאים הללו. במקביל, פועלת במסגרת המכון קבוצת חוקרים צעירים אשר נפגשים באופן סדיר ומשתפים פעולה על מנת לקדם חקר נושאים אלו. המכון אוגר מידע על מחקרים, ארגונים ושחקנים העוסקים בנושאי פעילותו.
להלן רשימה חלקית של חוקרים צעירים אשר זכו במלגות מטעם מרכז קומפר:
· תומר משה, "מאפייני אוכלוסיית היעד של אתרי האינטרנט המופעלים על ידי ארגוני הטרור חמאס וחיזבאללה".
· דני פלג, "ניתוח אסטרטגיות המדיה של ישראל בזמן משבר: המקרה של ההתנגשויות בעזה".
· ערן שורץ, "למה מאמצי הדיפלומטיה הציבורית של ישראל לא עובדים?".
· מעיין ארמלין, "האנטישמיות החדשה".
· ד"ר גל הדרי וד"ר אסף תורג'מן, "הדה-לגיטימציה של ישראל ומדיניות הדיפלומטיה הציבורית".
· אלונה פישר-קם, "תפקידה של ישראל בשיח השמאל הליברלי-אינטלקטואלי באירופה".
· יהושע בלס, "דעת הקהל בבריטניה בנוגע לסכסוך הערבי-ישראלי".
· כארמה בן-יוחנן, "הנצרות בהגות היהודית-אורתודוקסית".
· ד"ר ג'ובאני מתיאו קר, עמית מחקר - פרשנות התיאולוגיות הנוצריות בנוגע לישראל, לציונות, ולסכסוך במזרח התיכון.
· מיכל חטואל-רדושינצקי, עמיתת מחקר - לוחמה ב BDS.
